La ville compte trois principales clans qui se disputent et coopèrent malgré tout. Si aucune d'eux ne tentent d’empiéter sur le terrain de l'autre, il n'empêche que chacun convoitent le plein pouvoir sur Kyoto, voir bien plus encore...
Clan Zaizen : A sa tête, Shigeru Zaizen, fils d'une des plus vieille famille de la ville. Son monopole se trouve être dans l'industrie pornographique, qui peut s'étendre même jusqu'à la prostitution et la vente d'êtres humains. S'il s'agit de la plus connue à cause de sa longévité, il n'est pas très bon de s'allier à eux. La plus part des membres sont à l'image de leur oyabun : violents et sans vergogne. Ils sont tout particulièrement influents dans le centre et le nord de la ville. (Ukyo, Kita, Sakyo, Kamigyon Nakagyo)
Clan Sakurai : Récemment promu oyabun, le fils aîné Akito Sakurai a succédé à son père, bien trop malade pour diriger ses hommes. Si leurs méthodes et leur code d'honneur peuvent donner l'impression qu'ils sont d'honnêtes hommes, il n'en reste pas moins qu'ils s'adonnent au trafique de drogues et surtout de médicaments. Certainement l'une des familles les plus riches, leur siège se trouve à Higashiyama, situé à l'est de la ville et garde également une grande influence dans une partie du centre. (Higashiyama, Yamashina, Shimogyo)
Clan Nakagawa : Depuis la mort mystérieuse de Mamoru Nakagawa, ancien oyabun, c'est maintenant Aoi Saionji, saiko-komon de Mamoru, qui prend les rênes du clan. Si sa vision des choses est complètement différente de son prédécesseur, la seule personne à pouvoir lui tenir tête reste encore Ume, la fille unique de Mamoru. Le clan se concentre sur le trafique d'armes à feux et d'armes blanches. Probablement l'une des familles les plus neutre, elle aide autant la famille Zaizen que la famille Sakurai en leur fournissant des armes. Possède une grosse influence dans le sud et l'ouest de la ville. (Minami, Fushimi, Nishikyo)
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